Portal do Ementário

• Geral: proporcionar ao discente uma compreensão abrangente dos conceitos, metodologias e aplicações relacionadas ao estudo do genoma, epigenoma e transcriptoma de plantas, capacitando-o a empregar ferramentas experimentais e computacionais para análises estruturais e funcionais, bem como para sua aplicação em biotecnologia e melhoramento vegetal. Específicos: Ao final da disciplina, o discente deverá ser capaz de: 1) Compreender os fundamentos teóricos acerca da organização, evolução e regulação de genes e genomas eucariotos. 2) Diferenciar e aplicar metodologias de sequenciamento de DNA e RNA, incluindo tecnologias de primeira, segunda e terceira geração. 3) Realizar análises básicas de bioinformática, envolvendo controle de qualidade, pré- processamento e montagem de sequências genômicas. 4) Aplicar metodologias de anotação de genes, sequências repetitivas e famílias gênicas, reconhecendo suas implicações. 5) Identificar e explorar a variabilidade genética em nível de SNPs, microssatélites e outros polimorfismos. 6) Compreender os princípios da epigenômica, incluindo modificações no DNA e na cromatina, e aplicar metodologias como sequenciamento bissulfito, ATAC-seq e ChIP-seq. 7) Planejar e interpretar análises transcriptômicas, utilizando abordagens como RNA-Seq e validação por qRT-PCR. 8) Integrar informações de diferentes abordagens ômicas (genômica, epigenômica e transcriptômica) para responder a questões aplicadas em biotecnologia e melhoramento vegetal. 9) Desenvolver senso crítico e autonomia científica, por meio da leitura, discussão e interpretação de artigos atuais, elaboração de projetos e resolução de problemas.

Estudo da estrutura, organização e evolução de genomas eucariotos, com ênfase em plantas. Abordagem das metodologias de sequenciamento de DNA e RNA, montagem e anotação de genomas, além de prospecção de polimorfismos. Introdução a análises de epigenômica e transcriptômica, incluindo tecnologias de sequenciamento de última geração e ferramentas bioinformáticas aplicadas. Discussão de aplicações em genética vegetal, análises genômicas e melhoramento vegetal.

BROWN, T.A. Genomes 5. Garland Science, 2023. GOODWIN et al. Coming of age: ten years of next generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics, 17, 2016. CANAL et al. RNA-Seq: principais conceitos e cuidados. In: Tópicos especiais em genética e melhoramento II [recurso eletrônico]. (Org) Fábio Demolinari de Miranda et al. Alegre, ES: CCA-UFES, 2018. 310 p. GIBSON, G. AND MUSE, S.V. A Primer of Genome Science (3ed), Sinauer Associates, Inc. Publishers, Sunderland, Massachusetts. 2009. LEWIN, B. Genes XII. Jones & Bartlett, 2018. PAMPHILE et al. Bioinformática: guia básico de princípios e práticas de análise de DNA. Maringá: Eduem, 2018. 187p. HARRIGAN, GG.; MARTINO-CATT, S.; GLENN, KC. Metabolomics, metabolic diversity and genetic variation in crops. Metabolomics, v. 3, p. 259–272, 2007. FELSENSTEIN J (2003) Inferring phylogenies. GRAUR D & LI WH (2000) Fundamentals of Molecular Evolution. HALL B (2007) Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. HENNIG W; DWIGHT-DAVIS D; ZANGERL R (1999) Phylogenetic systematics. WILEY EO; LIEBERMAN BS (2011) Phylogenetics: Theory and Practice of phylogenetic systematics

Álvarez, I., Wendel, J.F. 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. Molecular Phylogenetics and Evolution, 29:417-434. McPherson, M.J., Quirke, P., and Taylor, G. R. 1991. PCR: a practical approach. Oxford University Presss. Page, R.D.M., Holmes, E.C. 1998. Molecular evolution: a phylogenetic approach. Blackwell, Soltis, D. E, Soltis, P. S and Doyle, J. J. 1998. Molecular Systematics of Plants II. DNA Sequencing. Boston, MA: Kluwer Academic. Soltis, D.R., Soltis, P. S. 1998. Choosing an approach and an appropriate gene for phylogenetic analysis. In Molecular Systematics of Plants II. DNA Sequencing, Edited by: Soltis, D.E, Soltis, P.S and Doyle, J.J. Boston, MA: Kluwer Academic.