Universidade Federal do Espírito Santo

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Informações Gerais
Disciplina:
Biologia da Informação ( BIO15888 )
Unidade:
Departamento de Ciências Biológicas
Tipo:
Optativa
Período Ideal no Curso:
Sem período ideal
Nota Mínima para Aprovação:
5.00
Carga Horária:
30
Número de Créditos:
2

Objetivos
Geral Familiarizar os alunos com um amplo corpo de sites, técnicas e software para o armazenamento, processamento e geração de informações em biologia.   Específicos 1.    Domínio do conceito de informação e da importância de sua acessibilidade e permanência em Ciência 2.    Domínio de técnicas variadas para processamento de informações de texto, numéricas, e de imagens 3.    Aprendizado e utilização prática da linguagem Python, incluindo suas bibliotecas mais comuns (NumPy, SciPy e Image) 4.    Aprendizado e utilização prática das linguagens HTML e CSS, além de noções de JavaScript, todas essenciais para elaboração de websites Familiarização com técnicas avançadas de processamento de informação, com base nas descobertas e nos aplicativos mais recentes

Ementa
A disciplina aborda a informação como entidade com características análogas a um organismo vivo, com gênese, desenvolvimento, reprodução e morte, e que portanto requer cuidados, técnicas e conhecimento específicos para ser gerada, trabalhada, gerenciada e armazenada (perpetuada) de modo útil e eficiente ao profissional em biologia, à comunidade científica, e à sociedade de um modo geral. São demonstradas e explicadas as técnicas mais atuais de trabalho com a informação, com ênfase no trabalho em biologia, e também o uso de técnicas clássicas que permaneceram importantes. O curso inclui princípios de história da escrita e da informação; informática e utilização de recursos via Internet; uso de aplicativos avançados em biologia; produção e processamento de imagens digitais; técnicas avançadas de uso para aplicativos de escritório (Word, Excel, etc); dicas e princípios de programação em Excel e Python; e o acompanhamento e apresentação das técnicas mais atuais sobre o assunto, à medida em que forem surgindo ou sendo publicadas, ao longo do desenvolvimento do curso.

Bibliografia
ALVES, Fábio Junior (2013) Introdução à linguagem de programação Python. Rio de Janeiro, RJ: Ciência Moderna. ISBN 9788539903993 (broch.). COLLISON, Simon (2008) Desenvolvendo CSS na web: do iniciante ao profissional. Rio de Janeiro: Alta Books, 2008. xxvi, 333 p. ISBN 9788576081838 (broch.). LUTZ, Mark; ASCHER, David (2007) Aprendendo Python. 2. ed. Porto Alegre: Bookman. xvii, 566 p. ISBN 9788577800131 (broch.)  

Bibliografia Complementar
Bassi, S. (2007) A Primer on Python for Life Science Researchers. PLoS Computational Biology, 3(11), 2052-2057. [gratuitoem www.ploscompbiol.org] Gaur, A. (1992)A history of writing. Publisher: Cross River Press. ISBN 155859358 Lutz, M. (2013) Learning Python, 5th edition. O'Reilly Ed. 1541 pp. [Disponível gratuitamente online] MARCONDES, Christian Alfim (2007) HTML 4.0 fundamental: a base da programação para web. 2. ed. São Paulo, SP: Érica, 2007. 270 p. ISBN 9788536500577 (broch.). MENEZES, Nilo Ney Coutinho (2014) Introdução à programação com python: algoritmos e lógica de programação para iniciantes. 2. ed., rev. e ampl. São Paulo, SP; Novatec, 328 p. ISBN 9788575224083 (broch.). MIRANDA, Antonio; SIMEÃO, Elmira (2003) Ciência da informação: teoria e metodologia de uma área em expansão. Brasília, DF: Thesaurus, 212 p. ISBN 8570623747 (broch.). SILVA, Maurício Samy (2011) HTML 5: a linguagem de marcação que revolucionou a web. São Paulo: Novatec. 320 p. ISBN 9788575222614 (broch.) NumPy Community (2017)NumPy User Guide. 131 pp. [Disponível gratuitamente em https://docs.scipy.org/doc/numpy-1.11.0/numpy-user-1.11.0.pdf]. SciPy Community (2017)SciPy Reference Guide. 2115 pp. [Disponível gratuitamente em https://docs.scipy.org/doc/scipy-1.0.0/scipy-ref-1.0.0.pdf]. Shipman, J. W. (2016) Python Imaging Library (PIL). New Mexico Tech, Computer Center. 12 pp. [excelente guia, gratuito em http://infohost.nmt.edu/tcc/help/pubs/pil.pdf]  
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